В аниме «Ооку» представлена альтернативная история Японии. На дворе период Эдо, омрачившийся зловещей эпидемией. Жертвами становятся только мужчины. Несмотря на все усилия, лекарства найти не удалось. Итогом этого стало сокращение мужского населения страны вплоть до четверти, по сравнению с женщинами.
Представительницы слабого пола начали осваивать нетипичные для себя профессии. Даже сёгуном стала женщина по имени Ёсимунэ Токугава. Оставшихся мужчин опекает государство. Но при дворе правительницы нет безопасности. Каждая девушка стремится упрочить свое положение. Главную героиню ждут многочисленные испытания.
